Pondok Pesantren Al-Amin Mojokerto berdiri dari sebuah pemikiran tentang perlunya mencetak kader-kader Nahdlatul Ulama yang berkualitas, berwawasan luas, memiliki kepribadian luhur, berjiwa mandiri, dan berguna bagi agama, bangsa, dan negara. Pesantren ini resmi didirikan pada 16 Juli 2000 dan mengembangkan tiga keunggulan, yakni bahasa, kitab kuning, dan leadership.

Madrasah Aliyah Pesantren Al-Amin menyelenggarakan pendidikan jenjang menengah atas yang memadukan kurikulum Kementerian Agama dengan kurikulum khas pesantren, ditopang penguatan bahasa asing (inggris dan arab), kajian kitab kuning, dan pembiasaan akhlakul karimah.

Madrasah Tsanawiyah Pesantren Al-Amin menjadi jenjang awal pendidikan enam tahun di Pesantren Al-Amin. Santri dibekali dasar-dasar keilmuan agama, penguasaan bahasa Arab dan Inggris, serta pembiasaan adab keseharian di asrama.

OSIS Pesantren Al-Amin menjadi wadah latihan kepemimpinan santri. Kepengurusan dibagi menjadi empat kelompok, yakni OSIS MA Putra, OSIS MA Putri, OSIS MTs Putra, dan OSIS MTs Putri, dengan bidang kerja yang mencakup kegiatan ibadah, bahasa, olahraga, seni, serta jurnalistik.